跑電泳是分子生物學實驗的一項基本技術。只要做分子生物學方面的實驗，可能或多或少，或早或晚都要跑跑電泳。有時候，跑電泳跑著跑著也會出現一些奇奇怪怪的現象。下面，談一談跑電泳的過程中可能會發生的異常現象，可能的原因，以及處理的方法。

1. 加樣孔有熒光 

下圖的紅框部分就是一個典型的加樣孔有熒光的例子。發生這種現象可能的原因如下：

首先一定有 DNA 的滯留，其次多含蛋白質殘留；如果是比較特殊的樣品，其雜質也可能致熒光。蛋白質幾乎不會被 EB 染色，能出現熒光，則一定含有核酸。非常巨大的基因組 DNA  (>50kb)，如果使用普通的瓊脂糖電泳，往往不能電泳出孔，單獨就可能滯留在加樣孔中產生熒光。更多的時候，是比較大的 DNA 與殘留的蛋白質結合后，電泳不能出孔而在孔中產生熒光。酶反應產物，如果沒有經過純化去除酶，也非常容易在孔中出現熒光，其原因是酶與 核酸幾乎都有比較強的結合能力(基因組 DNA 的 PCR 產物電泳往往在孔中都有熒光，而且熒光強度與體系的特異性成反比)。如果是植物樣品，還可能由其它雜質殘留引起。

那么，這么多種可能性。到底是什么東西殘留呢？過往的經驗是：蛋白質殘留的熒光有點發悶，其它雜質殘留亮得很刺眼，且薄得銳利。如上面那個例子，這么亮，這么銳利，肯定不會是蛋白質啦。

2.總 RNA 非變性電泳顯示 28S 不如 18S 亮 

如下圖所示，18S 明顯地比 28S 亮了。

如果 28S 和 18S 的條帶清晰無彌散，那么多提示 28S 沒有被 EB 飽和。RNA 殘留多時，基 因組 DNA 的電泳也會有相似現象。解決方法：簡單的補染就可以解決此問題。再次電泳時， 或者降低上樣量，或者直接增加膠中 EB 的量。保證 28S 比 18S 亮堂很多很多。

3. 降解 

降解的現象，其實是千奇百怪的。可以簡單總結如下：主帶不再突出，向小片段方向發生彌散，亮度比較均衡地衰減。如果同時還伴隨下列的一個或者多個現象，則需要更進一步的檢測：加樣孔非常的亮、彌散發生在主條帶位置的上下兩個方向、從加樣孔即開始發生彌散。 如下圖所示，紅框里面的就是典型的降解的現象。

其實，以現在的裂解液的裂解能力而言，降解的發生主要是在*勻漿之前，只有極少量由不干凈的溶解液導致。以總 RNA 抽提為例，總 RNA 的質量由高到低依次為懸浮細胞、貼壁 細胞、組織。*裂解懸浮細胞的時間最短，*裂解組織的時間最長，這就是降解多發生在*勻漿之前的一個佐證。再看一看新鮮樣品和冷凍保存樣品，非常嚴格的冷凍保存和勻漿操作的確可以確保冷凍樣品的核酸的質量；但是，有許多實驗室并不具備嚴格的保存手段，實驗人員的操作也并非完好，其結果就是核酸的降解。

事實上，RNA 抽提受的影響因素太多，就以基因組 DNA 的抽提為例看一看吧。假定消化使用的是含蛋白酶 K 的溶液，無論你使用的是新鮮樣品還是冷凍保存樣品，如果混勻*，可以預期的降解為：細胞：不應該降解，碾碎的組織：不應該降解，大塊組織：部分降解。如果電泳發現新鮮的細胞和碾碎的新鮮組織發生了降解現象，該現象是假象；如果電泳發現冷凍的細胞和碾碎的冷凍組織發生了降解現象，該現象不是假象，就是樣品在保存中已經降解了。即使蛋白酶 K 失活了，消化試劑的裂解能力也足以保證細胞的基因組 DNA 在抽提過程中間不被降解。

說了這么多。那么，如何才能減少或者杜絕核酸降解呢？那就是：一定要將重點放在樣品被*勻漿之前。樣品的保存在前面寫的 RNA 的提取一節里面已經說過了，不重復。其次就是要縮短樣品從脫離原來的生存環境或者低溫到被*勻漿之間的時間。越快越好。