利用 shotgun 的蛋白組技術，可以實現對復雜樣品中大量蛋白質的定性分析，進而為闡明腫瘤相關蛋白質的相互作用、信號通路組成及蛋白質亞細胞定位提供依據。

Dawson 等人發表于 2011 年《Nature》上的研究，利用蛋白組學的方法鑒定了腫瘤發生過程中參與染色質修飾失調的 bromodomain and extra terminal（BET）家族復合物的組成。作者首先分離出細胞核成分，再分別以 BET 抑制劑、Histone tails 及 BET 抗體為基質，通過免疫沉淀或 pull down 的方法分離出 BET 各蛋白亞型及其他蛋白復合物。利用 shotgun 的方法對分離的蛋白質進行鑒定，作者發現混合系白血病融合蛋白的分子伴侶 SEC 和 PAFc 是 BET 復合物的主要成員，并利用鑒定到的蛋白質構建了 BET 復合物蛋白相互作用網絡。在此基礎上，作者進一步證實 BET 復合物的功能與混合系白血病有直接關系，BET 是混合系白血 病的有效治療靶點。