基于質譜技術的蛋白質組學方法具有的強大蛋白質定性、定量和蛋白翻譯后修飾分析能力，其研究模式與方法已成為蛋白質層面上研究腫瘤學研究的主流方案，并已取得了大量的研究成果。

利用差異比較蛋白質組學的方法對不同組別樣品中大量差異表達蛋白進行解析，進而從中選取候選蛋白進行進一步的表達驗證和功能研究，可為深入闡明相關蛋白在特定生理或病理過程中的作用提供研究基礎與思路；借助于大量發掘的蛋白質差異表達數據，還可對信號通路的組成進行系統地描繪與功能研究； 利用鑒定蛋白質組學對 pull down 或免疫沉淀等方法分離純化的蛋白復合物進行解析，則可為蛋白與蛋白的相互作用、抗原-抗體識別、酶-底物反應等研究提供強大的工具。

鑒于其*的技術優勢與研究特點，基于質譜技術的蛋白質組學在基礎醫學科研領域必將具有更為廣闊的應用前景。