提高磷酸鈣轉染法效率的共通步驟，目的都是為了避免產生會被細胞內吞、加工失效的大顆粒沉淀。

提高轉染效率的操作有以下這些：

1、將小分子DNA整合在高分子質量基因組DNA上，以大分子作為運載體，能提高轉染效率。

2、測試緩沖液適合的ph，可制備幾批pH范圍為6.90～7.15的HEPES鹽緩沖液，分別測試緩沖效率，找到最適pH值。

3、使用轉染促進劑，如甘油、氯喹、其他可購買的轉染促進劑。因為這些試劑對細胞有一定毒性，因此，應針對每種細胞系通過實驗確定轉染促進劑處理的最佳時機、時長和強度。

除了這些共通的步驟，不同廠家還會對混勻DNA和磷酸鈣的速度有要求。有些方法要求只能輕輕攪動，有些建議用移液器溫和吹吸混勻，有些則提倡應緩慢混合。

因此，在使用磷酸鈣轉染時，應針對不同試劑和細胞系，耐心調整實驗參數，才是獲得高轉染效率的關鍵。