活細胞線粒體中的琥珀酸脫氫酶，能使額外添加的MTT還原為不溶于水的藍紫色結晶甲瓚（Formazan），并沉積在細胞中，死細胞則無此現象。接著用二甲基亞砜（DMSO）溶解沉積在細胞中的甲瓚后，可利用酶標儀490nm波長測光吸收值，依據吸光值（OD值）計算出活細胞數量。在一定細胞數范圍內，吸光值與細胞活性成正比。

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與MTT原理相似，皆是利用添加物與活細胞線粒體中的琥珀酸脫氫酶反應，并利用酶標儀測定產物光吸收值；不同于MTT法的是，XTT法還原產物是水溶性的橙黃色甲肷，不需經過二甲基亞砜（DMSO）溶解步驟，即可直接測定光吸收值，操作較MTT方便快速。當XTT與電子耦合劑作用后產生的水溶性甲肷吸光值與活細胞數成正比。

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BrdU為胸腺嘧啶核苷（Thymine）的衍生物，可用于標記活細胞中新合成的DNA（細胞活性周期S期），BrdU可隨著DNA復制進入子細胞，因此在加入BrdU后分裂增殖的細胞DNA都會帶有BrdU標記，可通過抗BrdU單克隆抗體檢測，借此檢測細胞的增殖能力，但BrdU單克隆抗體檢測過程需要將部分DNA變性，使部分雙股解開成單股才能順利檢測。且BrdU為光敏性，因此需要在光線刺激較低（黑暗）的環境下操作，并避光培養。

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EdU原理跟BrdU檢測法很像，都是代替胸腺嘧啶（Thymine，T）滲入正在復制的DNA中，并加入能與EdU反應的熒光染料，即可利用檢測熒光值偵測細胞增殖，或在細胞組織級別作為標記追蹤等研究，實驗過程不需要經過BrdU檢測法的DNA變性處理。

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ATP是細胞的能量直接來源，ATP發光法是通過檢測細胞內ATP含量來分析細胞增殖。市面上的原理是利用外源的螢火蟲熒光素（Luciferin）與熒光素酶（Luciferase），以細胞內含的ATP為能量來源，發生氧化反應產生生物冷光，因此可通過監測冷光光度，來對應ATP含量并判斷細胞增殖狀況。

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CFSE是一種可穿透細胞膜的熒光染料，具有細胞膜通透性，能夠自由進入細胞；當CFSE擴散穿過細胞膜，會與細胞內源酯酶產生水解反應而被激發，發出綠色熒光，這些帶熒光的CFSE會進一步與細胞骨架蛋白結合，形成穩定的胞內熒光蛋白。每當細胞進行分裂增殖，胞內熒光蛋白會被平均分配到下一代細胞中，因此細胞熒光強度會隨著增殖代數增加而不斷地降低，可用流式細胞儀進一步檢測分析得出細胞分裂增殖的情況。CFSE的濃度，對于最終判斷細胞增殖結果有直接性的影響。

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臺盼藍是一種藍色細胞活性染料，無法通過結構完整的細胞膜進入細胞內部；但細胞死后，喪失細胞膜穩定性，臺盼藍會進入細胞將細胞染成藍色，因此在細胞實驗中，常規地搭配自動細胞計數儀或血球計數板，應用于分辨活細胞和死細胞、及檢測細胞膜的完整性。

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