（一）同樣大小的DNA一起跑電泳，怎么條帶不一樣大？

DNA條帶不一樣大，本質(zhì)上是DNA在凝膠中的遷移率不一樣，有的跑得快，有的慢，通常情況同樣大小的DNA，遷移率是一樣的，條帶位置也會一樣。

但遷移率也受很多因素影響，例如DNA的構(gòu)象。例如環(huán)狀超螺旋結(jié)構(gòu)的DNA，和同等大小的線性DNA（例如單位點(diǎn)酶切后的質(zhì)粒），前者的遷移率要高，表現(xiàn)出來就是看上去超螺旋結(jié)構(gòu)的DNA分子量好像小一點(diǎn)。

（二）為什么有時候加大電泳的電壓，DNA會跑得快，但有時效果卻不明顯？

在較低電壓時，提高電壓，DNA的遷移率也會提高；但如果DNA分子量太大時，增加電壓后對DNA遷移率的提高其實(shí)不成比例，說白一點(diǎn)，就是有效果，但不明顯。

例如，當(dāng)DNA分子量大于2Kb后，施加在電泳槽兩端的電壓不應(yīng)該高于5V/cm，如果電泳槽長40cm，那么電壓不應(yīng)該高于200V。

（三）瓊脂糖質(zhì)量對電泳效果有多大影響？

有時候，換了一個批次的瓊脂糖，或者更換了新的供應(yīng)商的瓊脂糖后，同樣的樣品進(jìn)行電泳，效果也會有差異。

最常見的一個原因在于，瓊脂糖本身的質(zhì)量也是影響電泳結(jié)果的一個因素。

瓊脂糖由大量的多糖組成，這些多糖會與硫酸鹽吸附，成為一種叫硫酸化多糖的東西。在電泳時，它會產(chǎn)生正電荷，并向陰極移動，也就是和DNA移動的方向相反。

最終，DNA移動的阻力就增加了。這種現(xiàn)象叫做瓊脂糖的電內(nèi)滲（EEO）。因此，采購低水平電內(nèi)滲的瓊脂糖能有效提高分離效果。

（四）電泳緩沖液對電泳效果有多大影響？

電泳時，電泳緩沖液是一種經(jīng)常需要更換的試劑。

最佳的狀態(tài)，應(yīng)該是，使用同一批次的電泳緩沖液母液進(jìn)行1X電泳緩沖液的配置和對應(yīng)檔次電泳的凝膠配置。因?yàn)橹挥羞@樣操作，才能保證整個離子緩沖環(huán)境是一致的。

有時我們會為了圖方便，長期使用一個批次的1X電泳緩沖液進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，甚至到了母液都用完了，還在用之前那個批次的緩沖液進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。這樣就會影響實(shí)驗(yàn)效果了。

另外，常見的電泳緩沖液的使用錯誤，還包括，直接倒入自來水替代電泳緩沖液，或者直接使用10X或50X的母液當(dāng)緩沖液進(jìn)行電泳。‘

前者因?yàn)榫彌_體系內(nèi)缺乏足夠的離子，造成電導(dǎo)率很低，DNA遷移速度很慢，甚至是靜止了；而后者則因?yàn)殡妼?dǎo)率太高，造成整個緩沖液產(chǎn)熱太厲害，甚至連凝膠都融化了。

（五）低熔點(diǎn)瓊脂糖和普通瓊脂糖有什么區(qū)別？有什么用途？

制作瓊脂糖的原料通常是兩種海藻：Gelidium和Gracilaria。普通的瓊脂糖通常可以分離1～25Kb范圍的DNA片段，熔化溫度一般在85～90攝氏度，凝固溫度一般在40～42攝氏度。

對普通瓊脂糖進(jìn)行固化劑1號修飾后，可以降低瓊脂糖的熔化溫度。有的熔化溫度甚至低至40～45攝氏度！

這么低的熔化溫度有什么意義和應(yīng)用呢？答案是低熔點(diǎn)瓊脂糖主要應(yīng)用于DNA的快速回收，想象一下，在比較低的溫度時，例如50～60攝氏度，低熔點(diǎn)的凝膠已經(jīng)熔化了，但這個溫度下DNA還是很穩(wěn)定，不會解鏈的。

因此，只需要進(jìn)行簡單的處理和升溫就能實(shí)現(xiàn)DNA的回收，而且這種回收得到的DNA還能直接進(jìn)行一些下游實(shí)驗(yàn)，例如細(xì)菌轉(zhuǎn)化。

（六）電泳緩沖液就是TAE buffer嘛？還有其他嘛？有什么區(qū)別？

其實(shí)，瓊脂糖電泳緩沖液有幾種，分別是TAE、TBE和TPE，不過常用的一般是TAE。下面就來看看這三種緩沖液有什么區(qū)別。

相同點(diǎn)：大家都是為電泳提供一個離子緩沖環(huán)境。

不同點(diǎn)：組份不同，對應(yīng)的緩沖能力不同，應(yīng)用場景也略有不同。我們具體來看看。

TAE：Tris-乙酸鹽+EDTA緩沖液組成；緩沖能力最弱，如果長時間的電泳，則不適合。其中一個標(biāo)志是長時間電泳后，凝膠的陽極一側(cè)會發(fā)生酸化，凝膠中的溴酚藍(lán)會從藍(lán)色變?yōu)辄S色。因此，TAE需要定期更換，才能保證電泳效果。

TBE: Tris-硼酸鹽+EDTA緩沖液組成；TPE：Tris-磷酸鹽+EDTA緩沖液組成；緩沖能力比TAE要高，DNA在后兩種緩沖液中的遷移速度較慢，適用于分離低分子量DNA的電泳實(shí)驗(yàn)。

（七）上樣緩沖液是什么？有什么用？

在正式電泳開始之前，常使用上樣緩沖液(loading buffer)來與樣品DNA混合，這種緩沖液在電泳時有什么用呢？

Loading buffer在瓊脂糖凝膠電泳中的作用主要有三個：

01 它可以增加樣品的密度，確保DNA樣品可以均勻沉入上樣孔內(nèi)；

02 Loading buffer含有顏色指示劑，除了幫助上樣時觀察樣品是否準(zhǔn)確加入孔內(nèi)

03 這種顏色指示劑主要由溴酚藍(lán)和二甲苯藍(lán)FF組成，它們兩者在電泳中會按照固定的遷移速度移動，所以，我們還可以在電泳時通過Loading buffer幫助我們觀察條帶的遷移進(jìn)度

（八）電泳條帶看起來像個微笑的表情是什么原因？

最常見的原因是因?yàn)樯蠘恿刻罅耍Ｒ姷哪z孔位的寬度是5mm，如果往里面加載的樣品超過0.5ug的話，就表明過量了。

最后，電泳時就會出現(xiàn)條帶兩側(cè)卷起彎曲（像微笑表情）、模糊不清、條帶拖尾的現(xiàn)象。DNA片段越大，這種現(xiàn)象會越明顯。

需要補(bǔ)充的一點(diǎn)是，并不是所有出現(xiàn)條帶拖尾的現(xiàn)象，都代表樣品量過載，也有可能是含有其他雜質(zhì)或樣品降解造成的。

（九）點(diǎn)樣孔內(nèi)出現(xiàn)很亮的條帶，且不動，是什么原因？

DNA分子在電壓的推動下，會向前移動，但如果其分子量非常大，體積也就會變得很大，以至于無法穿過瓊脂糖向前移動。

如果在基因組DNA提取后，樣本中含有蛋白質(zhì)，那么就很可能出現(xiàn)這種現(xiàn)象。其原因在于基因組中有大量的組蛋白和DNA纏繞在一起，如果提取過程中去除不干凈，這些蛋白就會和DNA一起進(jìn)入后續(xù)電泳中。

而蛋白在瓊脂糖電泳中，無疑是體積超標(biāo)了，因此整個孔內(nèi)的DNA也無法移動出去。

以下，我們還整理了一些過往制作的關(guān)于瓊脂糖凝膠電泳的視頻，有的是實(shí)驗(yàn)原理，有的是實(shí)驗(yàn)操作，希望對你有幫助。

安培生物致力成為推動生命科學(xué)進(jìn)步值得信賴的合作者

深圳/湛江安培生物科技有限公司,是一家具有核心的技術(shù)實(shí)力、先進(jìn)的經(jīng)營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業(yè)。總部設(shè)在廣東，服務(wù)面向全國。安培生物集進(jìn)口試劑、實(shí)驗(yàn)室耗材銷售、技術(shù)服務(wù)與合約開發(fā)為一體的專業(yè)化高科技公司，旨在為生命科學(xué)的發(fā)展提供較好的產(chǎn)品與服務(wù)。本公司建立了涵蓋分子生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、免疫學(xué)、信號傳導(dǎo)和神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域的產(chǎn)品供應(yīng)線，在各個領(lǐng)域內(nèi)向用戶提供較高的水平和質(zhì)量穩(wěn)定的產(chǎn)品，安培生物致力于為廣大的科研機(jī)構(gòu)、高等院校等客戶提供各種產(chǎn)品、技術(shù)支持與服務(wù)。

可以在第一時間為用戶提供比較先進(jìn)的專業(yè)資訊和完備的產(chǎn)品和物流服務(wù)。 專業(yè)的技術(shù)力量使得我們能夠?yàn)閺V大用戶提供強(qiáng)大的技術(shù)支持，深厚的人脈資源使得我們在全國主要城市擁有眾多的合作伙伴，安培生物非常榮幸能將世界上先進(jìn)的高科技產(chǎn)品推薦給國內(nèi)從事生物學(xué)領(lǐng)域科研的老師和同仁。作為專業(yè)性的產(chǎn)品供應(yīng)商，公司出資存?zhèn)淞舜罅楷F(xiàn)貨，配合優(yōu)秀的銷售隊(duì)伍以及專業(yè)的技術(shù)支持，隨時為客戶提供服務(wù)。